بر‌اساس ماده(۱) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی، هدف از ایجاد مناطق آزاد تسریع در انجام امور زیربنایی، عمران و آبادانی، رشد و توسعه اقتصادی، سرمایه‌گذاری و افزایش درآمد عمومی، ایجاد اشتغال سالم و مولد، تنظیم بازار کار و کالا، حضور فعال در بازارهای جهانی و منطقه‌ای، تولید و صادرات کالاهای صنعتی و تبدیلی و ارائه خدمات عمومی عنوان شده است. یکی از ابزارهای مهم در دسترس مناطق آزاد جهت تحقق این اهداف (با استناد به ماده۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و قانون اصلاح این ماده مصوب سال۱۳۸۸) بهره‌مندی از مزیت معافیت مالیاتی ۲۰ساله در این مناطق می‌باشد که حذف آن می‌تواند دستیابی به اهداف تعیین شده را به طور قابل‌توجهی تحت تاثیر قرار دهد.
محسن فراهانی، فعال اقتصادی:اعطای معافیت مالیاتی در مناطق آزاد باعث میشود این مناطق با وجود عدم دسترسی مناسب به بازار مصرف، مواد اولیه، زیرساخت‌های لازم اعم از انرژی، حمل‌و‌نقل و… در مقایسه با کلان شهرهای کشور، از جذابیت لازم برای جذب سرمایه‌گذار برخوردار گردند؛ به طوری که علی‌رغم قرارگیری اغلب مناطق آزاد کشور در مناطق محروم و کم‌برخوردار، استفاده از این مشوق در هدایت سرمایه‌گذاری به این مناطق و رشد و توسعه فعالیت‌های اقتصادی بسیار موثر بوده است. حذف معافیت مالیاتی در مناطق آزاد و به‌تبع آن از میان بردن مهم‌ترین انگیزه سرمایه‌گذاری در این مناطق، با ماهیت ذاتی مناطق آزاد به عنوان ابزاری برای بهبود فضای کسب و کار نیز مغایرت دارد و توجیه فعالیت اقتصادی در این مناطق را از بین می‌برد.
به گزارش پایگاه خبری ، تحلیلی اندیشه کیش ، در شرایط کنونی کشور که به‌واسطه اعمال تحریم‌های بین‌المللی، لزوم حمایت بیش‌ازپیش از بخش تولید و اشتغال‌زایی امری ضروری به حساب می‌آید و نامگذاری این سال توسط مقام معظم رهبری با عنوان «مهار تورم، رشد تولید» نیز موید این موضوع می‌باشد؛ مناطق آزاد به لحاظ برخورداری از مزایای مختلف، می‌تواند نقش موثری در هدایت سرمایه‌های داخلی و خارجی به بخش تولید داشته باشد و در چنین شرایطی حذف معافیت‌های مالیاتی مانع دستیابی به این رسالت خواهد گردید.
با توجه به برخورداری مناطق آزاد رقیب در کشورهای همسایه از قانون معافیت مالیاتی که غالبا مدت‌زمان آن نیز از کشور ما بسیار بیشتر است، حذف چنین مزیتی در مناطق آزاد ایران نه تنها باعث خروج سرمایه‌های داخلی، بلکه کاهش سرمایه‌گذاری خارجی در کشور و جذب آن توسط مناطق آزاد کشورهای همسایه می‌گردد.
یکی از نقش‌های مناطق آزاد در ایران، پایلوتی برای تمرین جهانی شدن و حضور در بازارهای رقابتی بین‌الملل می‌باشد. با توجه به اینکه معافیت مالیاتی باعث کاهش قیمت تمام‌شده تولید در مناطق میشود، لذا حذف آن منجر به افزایش هزینه تولید و از دست دادن توان رقابت‌پذیری تولیدات داخلی در بازارهای جهانی می‌گردد.
یکی از اهداف ایجاد مناطق آزاد، کاهش تصدی‌گری دولتی و واگذاری امور اجرایی دولت به بخش غیردولتی می‌باشد که در همین راستا ماده۲۷ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و ماده۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مبنی بر تام‌الاختیار بودن مدیران عامل سازمان‌های مناطق آزاد نیز تدوین شده است و هیچ‌گونه ردیف بودجه دولتی در اختیار سازمان‌های مناطق آزاد قرار ندارد و تمام خدمات عمومی در مناطق از محل بودجه سازمان‌های مناطق آزاد تامین میشود، اخذ مالیات به عنوان ابزاری برای پوشش هزینه‌های دولت منطقی به نظر نمی‌رسد و تنها باعث افزایش تصدی‌گری دولت خواهد شد.
از آنجا که مناطق آزاد کشور اغلب در نقاط مرزی استقرار یافته‌اند و ایجاد بستر مناسب فعالیت اقتصادی و اشتغال‌زایی از عوامل موثر در ارتقاء امنیت مرزی محسوب می‌گردد؛ لذا اقداماتی همچون حذف مشوق‌های مناطق آزاد ازجمله حذف معافیت مالیاتی (ارزش افزوده و درآمد) که باعث ایجاد اختلال در فضای کسب و کار و از میان رفتن توجیه فعالیت اقتصادی و افزایش بیکاری در این مناطق می‌گردد، می‌تواند امنیت به‌وجود آمده در نوارهای مرزی ایران را نیز تحت‌تاثیر قرار دهد.
با عنایت به اینکه سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی در مناطق با این پیش‌فرض که قانون معافیت مالیاتی در این مناطق جاری است، اقدام به سرمایه‌گذاری و فعالیت نموده‌اند؛ در نتیجه حذف این قانون اجحاف به حقوق سرمایه‌گذاران محسوب میشود و می‌تواند تبعات حقوقی در پی داشته باشد.
